El título y tema de su primera obra es La filosofía náhuatl: Estudiada en sus fuentes. En realidad, es su tesis de doctorado en la UNAM. Le ocasionó su primera polémica. Muchos negaron que los nahuas tuvieran una filosofía, medían con la vara de Kant, la Suma teológica y sobre todo pensaban en la filosofía griega: Platón, Aristóteles e incluso los presocráticos. A esa misma negativa se enfrentó María Sten cuando habló del teatro náhuatl. Sin embargo, entre sus valedores estaba el poeta y filósofo Jaime Labastida, quien siempre comprendió que incluso la filosofía actual mexicana, como la de José Revueltas, tiene sus formas particulares.

Su segunda obra hizo historia. Visión de los vencidos: Relaciones indígenas de la Conquista. Introducción, selección y notas de Miguel León-Portilla Versión de textos nahuas: Ángel Ma. Garibay K. Ilustraciones de los códices: Alberto Beltrán. Fue el número 81 de la Biblioteca del Estudiante Universitario y a la fecha el más vendido, leído y citado de esta colección.

Su admiración por la portentosa Historia general de las cosas de la Nueva España lo llevaron al Códice Florentino, en el cual Fray Bernardino de Sahagún trascribe y comenta lo dicho por sus informantes. León-Portilla llamó a Fray Bernardino “el primer antropólogo de los nahuas” lo que desató, a pesar de la precisión del término, otra polémica. Pienso que esos autores inaugurales, deberían nombrarse “protoantropólogos” y asunto arreglado. (Yo bauticé a La Celestina como “protonovela” y casi me fusilan los especialistas). Hoy todo mundo le da el título de antropólogo a Fray Bernardino.

León-Portilla venía apadrinado por su tío político Manuel Gamio, el autor de Forjando patria, obra fundamental de la cultura nacional y quien lo llevó a apasionarse por las culturas prehispánicas. La otra influencia era el padre Ángel María Garibay Kintana, quien, además del hebreo y el náhuatl, conocía el latín y el griego, tanto así que tradujo, para Editorial Porrúa, todas las obras de Esquilo, Sófocles, Eurípides y Aristófanes. Por sus inicios como seminarista con los jesuitas, Leon-Portilla dominaba el griego y el latín. En la Torre de Humanidades, a la entrada de la Facultad de Filosofía y Letras, estaba el Seminario de Náhuatl que dirigía el Padre Garibay y al que asistía el poeta y dramaturgo Salvador Novo, otro nahuatlaco.

Las fuentes eran todas “las estelas mayas y otros monumentos conmemorativos mayas y nahuas los códices históricos xiuhámatl, «libros de años», del mundo náhuatl prehispánico, redactados a base de una escritura principalmente ideográfica e incipientemente fonética”, escribe León-Portilla. Recurre, además, a un instrumento que se inicia en los sesentas: la oralidad. Se vale de todo: las piedras, los códices y la oralidad. Ya establecido esto, el arqueólogo Eduardo Matos Moctezuma ingresa a la Academia de la Lengua, porque las piedras son signos que comunican, que forman “un sentido”, añade León-Portilla, ¿Y qué busca en la oralidad y los textos escritos? Ciertamente la historia, las costumbres, su pensamiento sobre el tiempo, la dualidad o el destino de los hombres, pero sobre todo le interesa el canto, lo que hoy llamamos literatura. A Nezahualcóyotl de Tezcoco, de quien ya se había ocupado antes,  dedica una de sus últimas obras. Por eso es fundamental sus Quince poetas del mundo náhuatl, que amplía un texto anterior y se une a Cantares mexicanos del padre Garibay.