En el contemporáneo derecho electoral mexicano, especialmente en cuanto a la elección de integrantes de los ayuntamientos, se ha empezado a vivir una nueva etapa, que bien se puede identificar como periodo del derecho electoral indígena o, por mejor decir, del específico derecho electoral en los pueblos indígenas, dado que se ha modificado el sistema de elecciones municipales vigente en la mayor parte del siglo XX, caracterizado en esa época por la intervención de los partidos políticos, como medios de organización política de los ciudadanos, para la conquista y ejercicio del poder público.
Las elecciones de autoridades municipales en los pueblos indígenas se han organizado, en las décadas recientes, sin la participación de los partidos políticos, formal y materialmente, aun cuando en ocasiones la exclusión ha sido solo formal, porque en la realidad social se advierte, sin lugar a dudas, que los partidos políticos sí intervienen, sí participan, aun cuando en forma velada, de manera informal, no autorizada por la legislación, en los procedimientos de elección de quienes han de ejercer el poder público.
Actualmente las elecciones en los pueblos indígenas se llevan a cabo con la intervención inmediata y directa de los sujetos de derecho considerados con legitimación para elegir y ser electos, en otras palabras, con derecho a votar y ser votados, conforme al derecho electoral consuetudinario de cada pueblo indígena, comúnmente identificado como sistema de usos y costumbres, aun cuando también se le denomina sistema normativo interno de elección o sistema normativo electoral indígena, caracterizado por la inaplicación del régimen electoral constitucional y legalmente establecido como regla, con la participación legal de los partidos políticos. Para la elección de quienes en el municipio han de ejercer el poder público, se recurre a las que se consideran formas tradicionales de elegir a los representantes populares.
En Oaxaca, este sistema electoral está expresamente previsto en la vigente Constitución Política del Estado, así como en la reglamentaria Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales, expedida por el Congreso local en 2017, publicada en el Periódico Oficial del Estado el 3 de junio del año en cita; por tanto, como se precisa en el Catálogo de Municipios Sujetos al Régimen de Sistemas Normativos Indígenas 2018, elaborado por el Instituto Estatal Electoral y de Participación Ciudadana de Oaxaca, de los 570 municipios que integran esta entidad federativa, 417 rigen sus procedimientos electorales por el mencionado sistema consuetudinario.
Actualmente las elecciones en los pueblos indígenas se llevan a cabo con la intervención inmediata y directa de los sujetos de derecho considerados con legitimación para elegir y ser electos
Por otra parte, el 22 de enero de 2012, por vez primera en el tiempo reciente, en el municipio de Cherán, estado de Michoacán, se celebró la elección de integrantes de su ayuntamiento, por el sistema de usos y costumbres, en cumplimiento de lo determinado en la sentencia dictada en el juicio para la protección de los derechos político electorales del ciudadano identificado con la clave SUP-JDC-9167/2011, por mayoría de votos de los magistrados de la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación, en sesión pública de 2 de noviembre de 2011.

En el municipio de Ayutla de los Libres, estado de Guerrero (1 de 81) el 15 de julio de 2018, conforme al sistema de usos y costumbres, se llevó a cabo la Asamblea Municipal de representantes para la integración del respectivo órgano de gobierno, en cumplimiento de lo resuelto por la mencionada Sala Superior, al dictar sentencia, por unanimidad de votos, en el juicio ciudadano identificado con la clave SUP-JDC-281/2017, en sesión pública de 2 de junio de 2017.
Asimismo se debe señalar que, el 5 de enero de 2019, el Instituto de Elecciones y Participación Ciudadana de Chiapas hizo del conocimiento público la celebración de la Asamblea Plenaria de Resultados sobre la Consulta Indígena en el municipio de Oxchuc, donde la ciudadanía decidió por el sistema normativo interno (usos y costumbres) para elegir a sus autoridades municipales, con un porcentaje de 59.18 por ciento, contra 38.40 por ciento que obtuvo el sistema de “partidos políticos” en las 116 localidades donde se realizaron Asambleas Comunitarias de Consulta Indígena. En sesión de 15 de enero de 2019, el Consejo General del IEPC declaró la validez de tales resultados y ordenó a su secretario ejecutivo notificar el acuerdo respectivo al Congreso del Estado y al Tribunal Electoral local. Chiapas está constituido con 124 municipios.
Este es el nuevo derecho electoral de excepción.
