- Después de las controvertidas y aún controvertibles elecciones federales ordinarias de 1988, fundamentalmente de Presidente de la República, en las que los Colegios Electorales ejercieron con plena libertad su calidad jurídico-política de última instancia en la calificación de las elecciones y por ello su facultad constitucional de revisión y revocación política de las sentencias dictadas por los juristas integrantes del órgano jurisdiccional denominado Tribunal de lo Contencioso Electoral, era indispensable el cambio, el descontento de la ciudadanía hacía insostenible el sistema electoral vigente.
Por ende, en abril de 1990, se reformaron los artículos 5, 35, 36, 41, 54, 60 y 73, de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos y en agosto se expidió el Código Federal de Instituciones y Procedimientos Electorales. Conforme a la nueva legislación, la Comisión Federal Electoral fue sustituida por el Instituto Federal Electoral, organismo público con autonomía constitucional, cuyo órgano superior de dirección fue el Consejo General, integrado con 11 consejeros, uno era el Secretario de Gobernación, representante del Poder Ejecutivo y Presidente del Consejo; 4 representantes del Poder Legislativo, 2 diputados y 2 senadores, uno propuesto por la mayoría y el otro por la primera minoría; se sumaban 6 consejeros magistrados, electos por las dos terceras partes de los miembros presentes de la Cámara de Diputados, a propuesta del Presidente de la República o por insaculación, si no se alcanzaba esa mayoría calificada. También integraban el Consejo los representantes de los partidos, hasta 4 por cada uno, en proporción a su fuerza electoral, según el resultado nacional de la elección de diputados precedente, en este caso la de 1988. Todos ellos con derecho a voz y voto. El Consejo tenía también un secretario y representantes de los partidos políticos que obtuvieron su registro después de 1988, éstos sólo con derecho a voz no a voto.
El TCE fue substituido por el Tribunal Federal Electoral, integrado con 5 Salas Regionales, una por cada circunscripción electoral plurinominal. La Sala Central, con sede en el Distrito Federal, era permanente, las 4 Salas foráneas, con sede en Durango, Xalapa, Guadalajara y Toluca, eran temporales; se instalaban en el mes de enero del año de la elección ordinaria, entraban en receso el inmediato mes de noviembre, para instalarse nuevamente para la siguiente elección. El TFE sesionaba en Pleno y en Salas. Las sentencias dictadas al resolver los recursos de inconformidad, procedentes para impugnar los resultados de los cómputos de la elección de diputados y senadores, así como la validez de la elección, estaban sujetas a revisión oficiosa del Colegio Electoral de la Cámara de Diputados y de Senadores, según fuera el caso, pero sólo podían ser modificadas o revocadas si se comprobaba que fueron dictadas contra Derecho. Ninguna sentencia dictada en 1991 fue modificada o revocada por los Colegios Electorales.
Se previó que la organización de las elecciones es una función estatal, regida por los principios de legalidad, certeza, imparcialidad, objetividad y profesionalismo. Se creó un sistema de medios de impugnación para garantizar la definitividad de resoluciones, actos y etapas electorales, así como el cumplimiento invariable del principio de legalidad.
Para ser consejero magistrado del IFE o magistrado del TFE, se debían reunir más requisitos que para ser ministro de la Suprema Corte de Justicia de la Nación. La elección de magistrados electorales era igual que la elección de consejeros magistrados.
La cláusula de gobernabilidad quedó acentuada. Al partido que obtuviera el mayor número de triunfos en la elección de diputados de mayoría relativa y el 35 por ciento o más de la votación nacional, se le debían asignar las diputaciones de representación proporcional necesarias para alcanzar la mayoría absoluta de la Cámara, es decir, 251 diputados; en este supuesto, por cada 1 por ciento más de votación, después del 35 por ciento hasta el 59 por ciento, al partido se le debían asignar 2 diputaciones más de RP. Al partido que obtuviera entre el 60 por ciento y el 70 por ciento de la votación nacional se le debían asignar las diputaciones de RP necesarias para que, sumadas a las ganadas de MR, representaran en la Cámara el mismo porcentaje de diputados que de votos obtenidos. El límite seguía siendo de 350 diputados (70 por ciento). Si ningún partido alcanzaba el 35 por ciento de la votación nacional, como mínimo, la distribución de diputaciones de RP debía ser de tal manera que todos los partidos tuvieran en la Cámara un porcentaje de diputaciones igual que el porcentaje de votos obtenido.
El Colegio Electoral de la Cámara de Diputados se redujo a 100 presuntos diputados, designados por los partidos políticos, en número equivalente al porcentaje de triunfos obtenidos en la elección de los 300 diputados de MR.