- Se derogó la institución del Colegio Electoral en la Cámara de Diputados y de Senadores, como última instancia, de naturaleza política, en el sistema mixto (jurídico-político) de calificación de la elección de sus integrantes; a cambio, se estableció la calificación estrictamente jurídica, en instancia administrativa a cargo de los Consejos Distritales y Locales del Instituto Federal Electoral, en la elección de mayoría relativa, y de su Consejo General en la elección de diputados de representación proporcional. En la instancia jurisdiccional se conservó la competencia de las Salas Regionales del Tribunal Federal Electoral mediante recurso de inconformidad y se creó la Sala de Segunda Instancia, integrada con el Presidente del TFE y 4 miembros de la judicatura federal, competente para conocer del recurso de reconsideración, procedente para impugnar, en única instancia, la asignación de diputados de RP y, en segunda instancia, las sentencias de fondo de las Salas Regionales, dictadas para resolver los recursos de inconformidad.
En la Constitución se reconoció autonomía al Tribunal Federal Electoral y su carácter de máxima autoridad jurisdiccional en la materia; sus sentencias se tornaron definitivas e inatacables; se reconoció independencia a jueces y magistrados, quienes debían obedecer “sólo al mandato de la ley”; además, se le dio competencia para resolver los conflictos laborales entre el IFE y sus servidores e incluso entre el mismo TFE y sus servidores, incumpliendo el principio de que nadie puede ser juez de su propia causa.
En la integración de la Cámara de Diputados se estableció un importante límite a la sobrerepresentación, ningún partido político podía tener más de 315 diputados, es decir, el tope era el 63 por ciento del total de 500, a pesar de que los votos obtenidos por el partido fuera superior a ese porcentaje, respecto de la votación nacional válida emitida; en cambio, si su proporción de votos obtenidos era igual o menor a 60 por ciento del total de la VVE, no podía tener más de 300 diputados, sumados los de MR y de RP.
La integración de la Cámara de Senadores se incrementó a 128; se reestableció su renovación total cada 6 años y se incrementó a 4 los senadores por entidad federativa, todos de mayoría relativa, aunque se reconocían 3 al partido triunfador, al que más votos válidos obtuviera; el cuarto senador era asignado a la primera minoría, es decir, al partido político que por sí mismo, no en coalición, quedara en segundo lugar de votos válidos obtenidos. Los partidos debían registrar 3 fórmulas de candidatos por entidad.
Para la Cámara de Diputados se conservó la facultad exclusiva de erigirse en Colegio Electoral, única y exclusivamente para calificar, con criterio político, pero en forma definitiva e inatacable, la elección de Presidente de la República.
- La reforma al artículo 105 de la Constitución federal instituyó la controversia constitucional, para resolver los conflictos emergentes entre los órganos de poder, de la Federación, los Estados y/o los Municipios, incluido el Distrito Federal. También se instituyó la acción de inconstitucionalidad, para el control abstracto de constitucionalidad de leyes federales y locales. Su conocimiento y resolución se atribuyó exclusivamente a la Suprema Corte. Sin embargo, congruente con la tradición establecida a partir del último cuarto del siglo XIX, con la denominada Tesis Vallarta, quedó expresamente excluida la materia electoral de ambos medios jurisdiccionales de control de constitucionalidad. En pleno siglo XXI (2019) subsiste la prohibición en controversia constitucional.
Por otra parte, con el argumento de la ciudadanización de los órganos electorales, en la integración del Consejo General del IFE se dio un giro importante, se substituyó a los consejeros magistrados por consejeros ciudadanos. Para ser consejero magistrado, por disposición constitucional, se debían satisfacer más requisitos que para ser Ministro de la SCJN, en cambio, para ser consejero ciudadano, conforme al reformado Código Federal de Instituciones y Procedimientos Electorales, en 1994, era suficiente tener título profesional o formación equivalente y conocimientos en materia político-electoral. La propuesta de estos consejeros ya no fue facultad del Presidente de la República sino de los grupos parlamentarios de la Cámara de Diputados; además, se derogó su elección por la Comisión Permanente del Congreso de la Unión y el método de insaculación.
De los principios rectores de la organización de las elecciones, certeza, legalidad, imparcialidad, objetividad y profesionalismo, precisados en el texto constitucional de 1990, se suprimió el último y se adicionó el de independencia; sin embargo, al definir al IFE como autoridad “profesional en su desempeño”, es evidente que el profesionalismo no quedó eliminado, permaneció y permanece como requisito indispensable de la función estatal electoral, sigue siendo principio rector.