1996.- La integración del Consejo General del IFE se previó con un Presidente y 8 consejeros electorales, que substituyeron a los consejeros ciudadanos; para su elección se mantuvo el voto calificado de dos terceras partes de los diputados presentes, respecto de los candidatos propuestos por los grupos parlamentarios de la Cámara. Se restituyó a la Comisión Permanente la facultad de hacer tales designaciones en los períodos de receso del Congreso de la Unión. Para ser consejero se exigió cumplir los mismos requisitos que para ser Ministro de la Suprema Corte de Justicia de la Nación. Con igual procedimiento y requisitos, se previó la elección de 8 consejeros electorales suplentes.
En la integración del Consejo General del IFE se conservó la concurrencia de los consejeros del Poder Legislativo, sólo uno por cada grupo parlamentario con presencia en una o ambas Cámaras del Congreso; también se conservó la presencia de un representante por cada partido político y la del Secretario Ejecutivo del IFE, todos éstos con derecho a voz, pero sin derecho a voto.
Del Poder Legislativo federal se establecieron nuevas reglas para su integración. Para la Cámara de Diputados se dispuso que ningún partido podía tener más de 300 diputados, electos por ambos principios, mayoría relativa y representación proporcional; además, salvo en el caso de triunfos obtenidos en la elección de MR, se previó que ningún partido podía tener más diputados que el equivalente al porcentaje de la votación nacional emitida que hubiera alcanzado, incrementado en 8 por ciento; la sobrerrepresentación de un partido, en la integración de la Cámara de Diputados, no podía exceder del aludido 8 por ciento. Además, la asignación de diputados de RP, por disposición constitucional, se debe hacer respetando el orden establecido en la lista de candidatos registrada ante el IFE.
En la integración de la Cámara de Senadores se conservó la presencia de 128 legisladores, pero se modificó substancialmente el sistema electoral, porque el número de electos por el principio de mayoría relativa, para el partido triunfador, disminuyó a 2 por entidad federativa y aun cuando subsistió la asignación de una senaduría de primera minoría, a favor del partido que ocupara el segundo lugar en la votación de MR en la entidad, se instituyó, más como una concertacesión política que como una necesidad jurídico-política, la senaduría de RP; para este efecto novedoso se dispuso la elección de 32 senadores en toda la república, como una sola circunscripción plurinominal nacional. Para la elección de senadores de MR los partidos políticos debían solicitar el registro de 2 fórmulas de candidatos y una lista de fórmulas de candidatos para la elección de RP.
Tanto la declaración de validez de la elección de diputados y senadores, como la asignación de RP y de primera minoría, así como el otorgamiento de las constancias respectivas, fue impugnable ante las Salas del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación, conforme a lo previsto en el artículo 99 de la Constitución federal y en la reglamentaria Ley General del Sistema de Medios de Impugnación en Materia Electoral.
En cuanto a la responsabilidad jurídica de los servidores públicos, quedó previsto que el consejero presidente y los consejeros electorales del IFE, así como su Secretario Ejecutivo y los magistrados del TEPJF, pueden ser sometidos al juicio político establecido en el Título Cuarto de la Constitución federal.
Para el Derecho Electoral local se dispuso que las Constituciones y leyes de los Estados deben establecer plazos que permitan el acceso a los tribunales electorales locales y federal, para agotar todos los medios de impugnación, a fin de garantizar la legalidad, constitucionalidad y definitividad, de las diferentes etapas del procedimiento electoral, así como de todos los actos, resoluciones y procedimientos en la materia.
En el Distrito Federal, si bien se conservó el sistema de gobierno a cargo de los Poderes federales, se previó la participación de los órganos locales, Legislativo, Ejecutivo y Judicial. La Asamblea de Representantes, instituida con similar reforma publicada en el DOF el 10 de agosto de 1987, fue substituida por la Asamblea Legislativa del Distrito Federal, vigente hasta 2018, integrada ya no con representantes, sino con diputados de MR y RP, electos cada 3 años, por el voto ciudadano libre, directo, universal y secreto.
Contrario al límite previsto en materia federal, en el D. F., constitucionalmente se instituyó la cláusula de gobernabilidad, dado que se estableció que al partido político que obtuviera, por sí mismo, el mayor número de triunfos en la elección de diputados de MR y cuando menos el 30 por ciento del total de la votación emitida, se le deberían asignar las diputaciones de RP necesarias para alcanzar la mayoría absoluta en la Asamblea.